협회는 2025~2030년을 위한 11개 핵심 임무 그룹을 설정하고 회원 역량 강화를 우선시한다.

협회는 생산 능력 향상과 내부 소비 증대, 불공정 경쟁 제한을 위한 실질적 지원 프로그램을 시행한다.

어민과 기업의 권익 보호를 강화하고 연안 조업 어선 감축 및 지속가능 업종 전환을 독려한다.

수역 주권 보호와 해양 경제 발전을 위해 조업 조직과 해상 물류 서비스 참여를 장려하며 어획 효율을 제고한다.

IUU 방지와 국제 규정 준수 홍보·감시를 강화하고 첨단 양식 기술과 글로벌 표준을 충족하는 양식단지 조성을 지원한다.